La mise en œuvre des actions pour atteindre les objectifs de préservation, de la faune, de la flore et des habitats, est du ressort de chaque État. La Commission européenne a laissé aux États membres le choix de la procédure à employer pour les modes de gestion à adopter.
La France a opté pour la mise en place d’un système principalement basé sur le volontariat des acteurs locaux par le biais de la contractualisation.
Inventorier les sites : un travail d'experts
Depuis 1979 pour les oiseaux, et de 1992 à 1996 pour le reste de la faune, de la flore et des habitats naturels, les biologistes ont inventorié et décrit les sites répondant aux critères scientifiques du réseau : espaces où subsistent encore, de manière significative (surfaces, effectifs...), les habitats naturels et espèces sauvages menacées en Europe.
Désigner les sites en droit français : le rôle de l'Etat
Au terme d’une procédure de consultation nationale et de validation européenne, les sites proposés par les biologistes sont classés par arrêté ministériel en ZPS ou en ZSC : ils deviennent les sites Natura 2000.
Elaborer le DOCOB : les acteurs locaux à l'œuvre...
Pour chaque site Natura 2000, les acteurs locaux élaborent le Document d'Objectifs : il s'agit de rechercher les moyens de faire perdurer, pour chaque site, les conditions qui ont permis son maintien en bon état jusqu’à nos jours.
Le DOCOB est élaboré localement, en concertation avec tous les acteurs qui doivent rechercher ensemble et s'accorder sur les objectifs et les moyens nécessaires.